O Consórcio EOSC-Life concedeu financiamento a um novo projecto intitulado "Um fluxo de trabalho para a análise de dados dos Observatórios Genómicos Marinhos". O projecto será liderado pelo Centro Helénico de Investigação Marinha (HCMR), um parceiro do Centro Europeu de Recursos Biológicos Marinhos (EMBRC).

A EOSC-Life é financiada por uma subvenção da Comissão Europeia (CE)-Horizon 2020 (H2020)[1] e visa criar um espaço aberto de colaboração para a biologia digital. EOSC, a Nuvem Europeia de Ciência Aberta, é uma iniciativa da CE para desenvolver uma infra-estrutura que promova práticas científicas abertas.

O HCMR irá liderar o projecto recentemente financiado em colaboração com o EMBL'European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), e o EMBRC Portugal parceiro Centro de Ciências do Mar (CCMAR). A sede da EMBRC e as instituições participantes irão apoiar o projecto. Estes parceiros incluem: Flanders Marine Institute (VLIZ, EMBRC Bélgica), Plentzia Marine Station, University of the Basque Country (PiE-UPV/EHU, EMBRC Espanha), Station Biologique de Roscoff (SBR, EMBRC França) e Stazione Zoologica Anton Dohrn (SZN, EMBRC Itália).

Sobre o projecto: Porque precisamos de "Um fluxo de trabalho para a análise de dados dos Observatórios Genómicos Marinhos"?

A caraterização da comunidade microbiana dos ambientes marinhos através da metagenómica tem o potencial de transformar a nossa compreensão dos serviços do ecossistema apoiados por organismos microbianos. Além disso, a diversidade microbiana está diretamente correlacionada com a qualidade ambiental através da cadeia alimentar e os efeitos físicos e químicos dos metabolitos secundários. Muitos destes últimos são alvos para bioprospecção na medicina e na indústria.

Como é que os parceiros irão contribuir para o projecto?

As instituições participantes neste novo projecto trazem uma riqueza de experiência e capacidade de análise metagénica. O Dia da Amostragem Oceânica (OSD), uma iniciativa liderada pelo HCMR como parte do projecto 'ASSEMBLE Plus', financiado pelo H2020, liderado pela EMBRC[2], os projectos Malaspina, e Tara Oceans, bem como a futura Rede Europeia de Observação da Biodiversidade de Ómicos Marinhos (EMO BON) do EMBRC, foram concebidos para recolher amostras ambientais para análise metagenómica. Esta análise metagenómica visa elucidar o perfil taxonómico e o potencial funcional das comunidades marinhas. Como tal, têm ou irão aumentar muito a nossa compreensão da importância das comunidades microbianas em alguns dos ambientes marinhos mais sensíveis e ameaçados.

Contudo, o sucesso dos esforços atuais e futuros depende, em última análise, do desenvolvimento e adoção de normas de amostragem, recolha de metadados, sequenciação e análise de dados. Sem essa coerência, as comparações de resultados entre locais e ao longo do tempo poderão ficar comprometidas e muito do valor dos dados para a análise dos ecossistemas e para a monitorização da qualidade ambiental é perdido.

O projeto recentemente financiado irá conceber um fluxo de trabalho eficaz e uma estratégia de implantação para a análise dos dados do observatório metagenómico genómico (GO). É considerado de grande importância que os dados e resultados preliminares sejam rapidamente disponibilizados à comunidade biológica marinha, mas também que os dados sejam controlados em termos de qualidade e normalizados antes da sua disponibilização.

"Estamos muito entusiasmados por desenvolver este projeto em colaboração com vários parceiros do EMBRC e outras organizações", disse Christina Pavloudi, do HCMR. "A ciência prospera num espaço aberto e colaborativo. Iremos combinar os pontos fortes de cada instituto participante, com o apoio da EMBRC, numa tentativa de responder a uma necessidade crescente da comunidade científica".

O trabalho proposto visa tornar os grandes volumes de dados produzidos pelas OG mais facilmente interpretáveis pela comunidade biológica marinha, fornecendo os inventários taxonómicos de cada amostra de forma atempada e num formato não técnico. Desta forma, os investigadores sem os conhecimentos técnicos necessários para analisar tais dados por si próprios, bem como os decisores políticos e as agências de gestão, terão a oportunidade de inspecionar os resultados e compreender os padrões de biodiversidade que estão a ser moldados pelas comunidades microbianas marinhas.

Sobre os parceiros:

EMBRC-GR é liderado pelo Centro Helénico de Investigação Marinha (HCMR), que compreende três institutos, um dos quais faz parte do EMBRC (ver abaixo): Instituto de Biologia Marinha, Biotecnologia e Aquacultura (IMBBC). O HCMR realiza investigação científica e tecnológica multidisciplinar aplicada e básica, incluindo o desenvolvimento experimental, disseminação e implementação dos seus resultados produzidos. O IMBBC tem sido reconhecido como um centro de excelência em biodiversidade marinha e realiza investigação a todos os níveis de organização biológica, desde os genes aos ecossistemas. O instituto tem um registo significativo de projectos competitivos nacionais e internacionais e participa actualmente em numerosos programas, redes e iniciativas europeias de I&D de grande envergadura.

EMBRC, o Centro Europeu de Recursos Biológicos Marinhos, é a infra-estrutura de investigação europeia para recursos biológicos marinhos e ecossistemas marinhos. Fornecemos acesso a macro e microorganismos de tipo selvagem, colecções de culturas de microorganismos, e uma grande variedade de organismos modelo relevantes para a investigação fundamental e aplicada. Os sítios EMBRC estão espalhados por nove países e dão acesso a ecossistemas desde o Ártico norueguês até ao Israel tropical. Os nossos laboratórios no local e instalações experimentais atendem a todos os tipos de investigação envolvendo organismos biológicos marinhos, desde a expressão genética e fisiologia até à ecologia e impacto das alterações climáticas, com o apoio dos nossos técnicos altamente experientes. A EMBRC visa fazer avançar a compreensão da vida nos oceanos e aproveitar de forma sustentável o seu potencial em benefício da humanidade em sectores como a alimentação, a saúde e a biotecnologia.

EMBRC-PT é dirigido pelo Centro de Ciências do Mar (CCMAR) que é um dos principais centros de investigação das ciências marinhas em Portugal, reunindo especialistas nos campos da biologia marinha, ecologia, oceanografia, ciências ambientais, biotecnologia, pescas e aquacultura. Dedicado à I&D em ciências marinhas, o CCMAR visa promover a investigação e educação multidisciplinar relacionada com o meio marinho, com ênfase nos processos de mudança ambiental que afectam os ecossistemas marinhos. Com uma equipa multidisciplinar de cerca de 250 investigadores científicos, o CCMAR dispõe de instalações e laboratórios marinhos bem equipados, e facilitou o acesso a importantes ecossistemas marinhos e costeiros. Localizado no Sul de Portugal, o CCMAR é uma organização de investigação independente sem fins lucrativos dentro do sistema da Universidade do Algarve. Tem o Instituto Português do Mar e da Atmosfera (IPMA) como parceiro estratégico e, juntamente com o Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental (CIIMAR), constitui o Laboratório Associado CIMAR de Portugal.

O Instituto Europeu de Bioinformática EMBL (EMBL-EBI) é um líder mundial no armazenamento, análise e disseminação de grandes conjuntos de dados biológicos. Ajudamos os cientistas a realizar o potencial dos grandes dados, reforçando a sua capacidade de explorar informações complexas para fazer descobertas que beneficiam a humanidade. EMBL-EBI gere um conjunto único de bases de dados biomoleculares chave, incluindo MGnify, um dos maiores recursos mundiais de análise microbiológica de livre acesso, que participa neste projecto. EMBL-EBI está na vanguarda da investigação em biologia computacional e fornece formação em bioinformática para a comunidade científica. Fazemos parte da EMBL e estamos localizados no Wellcome Genome Campus, uma das maiores concentrações mundiais de conhecimentos científicos e técnicos em genómica.