Durante o seu projeto de doutoramento, Joana Cruz centrou a sua investigação nas comunidades de plâncton e na produção secundária em águas costeiras portuguesas. Para analisar como o zooplâncto reage a súbitas alterações no ambiente, ela utilizou um método de recolha de amostragens mais intensivo durante, a época mais produtiva do sistema lagunar da Ria Formosa.

Comunidades de plâncton como indicadores de alterações climáticas 
As lagunas costeiras como a Ria Formosa, situadas no sul de Portugal, são ecossistemas pouco profundos e ricos em nutrientes. São ambientes normalmente instáveis, ameaçados pelas alterações climáticas e geralmente sob fortes pressões antropogénicas. Os organismos planctónicos respondem rapidamente a tais alterações no ambiente, pelo que são considerados bons indicadores das alterações climáticas nos ecossistemas. 

No entanto, é complicado determinar as ligações específicas entre a variabilidade ambiental e a dinâmica do plâncton nas lagunas costeiras, uma vez que os estudos anteriores focam principalmente escalas a longo prazo, recorrendo a amostragens mensais ou sazonais. A investigação de Joana, pelo contrário, analisou vários indicadores ecológicos do crustáceo Acartia clausi da Ria Formosa, durante o Verão, utilizando um método de amostragem mais intensivo. 
 

Fatores principais que afetam as comunidades de zooplâncton  
Os resultados deste estudo revelaram que o ecossistema lagunar da Ria Formosa apresenta, numa curta escala de tempo, uma elevada variabilidade na abundância, composição ou produção nas comunidades de zooplâncton. O factor que melhor explica esta variabilidade é a salinidade, seguida pelas diferentes fases de maré, temperatura e alimentação. 

O contributo importante do zooplâncton no estudo das alterações climáticas e dos impactos antropogénicos  
Este estudo mostra que devem ser usadas diferentes escalas de tempo na monitorização regular das comunidades de zooplâncton. 

A monitorização do zooplâncton é muito importante no estudo das alterações climáticas e monitorização dos impactos antropogénicos, uma vez que estes organismos respondem rapidamente às alterações ambientais. Para além disso, contribuem para uma melhor gestão das pescas, pois  
 constituem um importante alimento para as primeiras fases de vida de muitos recursos pesqueiros que habitam a Ria Formosa.

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