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23 - Ribeiro, J., Monteiro, C.C., Monteiro, P., Bentes, L., Coelho, R., Gonçalves, J.M.S., Lino, P.G. & Erzini, K. 2008. Long-term changes in fish communities of the Ria Formosa coastal lagoon (southern Portugal) based on two studies made 20 years apart. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 76 (1): 57-68. doi:10.1016/j.ecss.2007.06.001

2007

22 - Gonçalves, J.M.S., Stergiou, K.I., Hernando-Casal, J.A., Puente, E., Moutopoulos, D.K., Arregi, L., Soriguer, M.C., Fernández, C.V., Coelho, R. and  K. Erzini. 2007. Discards of trammel nets in southern European small-scale fisheries. Fisheries Research, 8 (1-3): 5-14. doi:10.1016/j.fishres.2007.06.017

21 - Oliveira, F., Erzini, K. & Gonçalves, J.M.S. 2007. Feeding habits of the deep-snouted pipefish Syngnathus typhle in a temperate coastal lagoon. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 72 (1-2): 337-347. doi:10.1016/j.ecss.2006.11.003

2006

20 - Erzini, K.; Gonçalves, J.M.S.; Bentes, L.; Moutopoulos, D.K.; Hernando-Casal, J.A.; Soriguer, M.C.; Puente, E.; Errazkin, L.A. & Stergiou, K.I. (2006) Size selectivity of trammel nets in southern European small-scale fisheries. Fisheries Research, 79 (1-2): 183-201. doi:10.1016/j.fishres.2006.03.004

19 - Abecasis, D.; Bentes, L.; Ribeiro, J.; Machado, D.; Oliveira, F.; Veiga, P.; Gonçalves, J.M.S. & Erzini, K. 2006. First record of the Mediterranean parrotfish, Sparisoma cretense in Ria Formosa (south Portugal). JMBA2 - Biodiversity records.

18 - Ribeiro, J.; Bentes, L.; Coelho, R.; Gonçalves, J.M.S.; Lino, P.G.; Monteiro, P. &  Erzini, K. 2006. Seasonal, tidal and diurnal changes in fish assemblages in the Ria Formosa lagoon (Portugal). Estuarine, Coastal and Shelf Science, 67: 461-474. doi:10.1016/j.ecss.2005.11.036

17- Monteiro, P., L. Bentes, R. Coelho, C. Correia, J. M. S. Gonçalves, P. Lino, J. Ribeiro, K. Erzini. 2006. Age and growth, mortality, reproduction and relative yield per recruit of the bogue, Boops boops Linné, 1758 (Sparidae), from the Algarve (southern of Portugal) longline fishery. Journal of Applied Ichthyology 22 (5): 345-352. doi:10.1111/j.1439-0426.2006.00756.x

2005

16 - Coelho, R.; Erzini, K.; Bentes, L.; Correia, C.; Lino, P.G.; Monteiro, P.; Ribeiro, J. and Gonçalves, J.M.S. (2005) Semi-pelagic longline and trammel net elasmobranch catches in Southern Portugal: catch composition, catch rates and discards. Journal of Northwest Atlantic Fishery Science, 35: 531-537.

15 - Coelho, R., L. Bentes, C. Correia, J.M.S. Gonçalves, P.G. Lino, P. Monteiro, J. Ribeiro and K. Erzini. 2005. Age, growth and reproduction of the axillary seabream, Pagellus acarne (Risso,1827), from the south coast of Portugal. Thalassas 21: 79-84.

2004

14 - Gonçalves, J.M.S., Bispo, J., Silva, J.A. 2004. Underwater survey of ichthyofauna of Eastern Atlantic Seamounts: Gettysburg and Ormond (Gorringe Bank). Archive of Fishery and Marine Research, 51(2-3): 233-240.

2003

13 - Erzini, K., J.M.S. Gonçalves, L. Bentes, P.G. Lino, J. Ribeiro and K.I. Stergiou. 2003. Quantifying the roles of competing static gears: comparative selectivity of longlines and monofilament gill nets in a multi-species fishery of the Algarve (southern Portugal) Scientia Marina, 67(3): 341-352.

12 - Gonçalves, J.M.S., Bentes, L., Coelho, R., Correia, C., Lino, P.G., Monteiro, P. Ribeiro, J. and  K. Erzini. 2003. Age and growth, maturity, mortality and yield per recruit for two banded bream (Diplodus vulgaris GEOFFR.) from the south coast of Portugal. Fisheries Research, 62(3): 349-359. doi:10.1016/S0165-7836(02)00280-1

11 - Coelho, R., L. Bentes, J.M. S. Gonçalves, P.G. Lino, J. Ribeiro and K. Erzini. 2003. Reduction of elasmobranch by-catch in the hake semipelagic near-bottom longline fishery in the Algarve (Southern Portugal). Fisheries Science, 69:293-299.

2001

10 - Borges, T.C., Erzini, K., Bentes, L., Costa, M.E., Gonçalves, J.M.S., Lino, P.G., Pais, C. & J. Ribeiro. 2001. By-catch and discarding practices in five Algarve (southern Portugal) métiers. Journal of Applied Ichthyology, 17(2001): 104-114. ISSN 0175±8659

9 - Erzini, K., J.M.S. Gonçalves, L. Bentes, P.G. Lino, and J. Ribeiro. 2001. The hake deepwater semi-pelagic (“pedra-bola”) longline fishery in the Algarve (Southern Portugal). Fisheries Research 51(2-3): 327-336. PII: S0 1 6 5 - 7 8 36 ( 0 1 ) 0 0 2 5 6 - 9

2000

8 - Gonçalves, J.M.S. & K. Erzini. 2000. The reproductive biology of the black sea bream, Spondyliosoma cantharus (L.) from the SW Coast of Portugal. Scientia Marina, 64(4): 403-411.

7 - Gonçalves, J.M.S. & K. Erzini. 2000. The reproductive biology of the two-banded sea bream (Diplodus vulgaris) from the SW Coast of Portugal. Journal of Applied Ichthyology, 16(3): 110-116. ISSN 0175 8659

1999

6 - Erzini, K., J.M.S. Gonçalves, L. Bentes, P.G. Lino, and J. Ribeiro 1999. Catch composition, catch rates and size selectivity of three longline métiers in the Algarve (southern Portugal). Proceedings of the 2nd Symposium on the Atlantic Iberian Continental Margin. Boletin del Instituto Espanol de Oceanografia, 15(1-4): 313-323. ISSN: 0074-0195

1998

5 - Gonçalves, J.M.S. & K. Erzini. 1998. Feeding habits of the two-banded (Diplodus vulgaris) and the black (Spondyliosoma cantharus) sea breams (Sparidae) from the south-west coast of Portugal. Cybium, 22(3):245-254.

4 - Erzini, K., J.M.S. Gonçalves, L. Bentes, P.G. Lino, and J. Ribeiro. 1998. Species and size selectivity in a ‘red’ sea bream longline métier in the Algarve (southern Portugal). Aquatic Living Resources, 11(1): 1-11.

1997

3 - Gonçalves, J.M.S., L. Bentes, P.G. Lino, J. Ribeiro, A.V.M. Canário and K. Erzini. 1997. Weight-length relationships for the most important species of the small-scale demersal fisheries of south and south-west coast of Portugal. Fisheries Research, 30:253-256. PI/ S0165-7836(96)00569-3

2 - Erzini, K., J.M.S.  Gonçalves, L. Bentes and P. G. Lino. 1997. Fish mouth dimensions and size selectivity in a Portuguese longline fishery. Journal of Applied Ichthyology, 13:41-44.

1996

1 - Erzini, K., J.M.S. Gonçalves, L. Bentes, P. G. Lino and J. Cruz. 1996. Species and size selectivity in a Portuguese artisanal longline fishery. ICES Journal of Marine Science, 53:811-819. 1054–3139/96/050811+09.

1.    Theses

- Gonçalves, J.M.S. 2000. Biologia Pesqueira e Dinâmica Populacional de Diplodus vulgaris (Geoffr.) e Spondyliosoma cantharus (L.) (Pisces, Sparidae) na Costa Sudoeste de Portugal. Tese de Doutoramento. Universidade do Algarve, UCTRA, Faro, 369p.

- Gonçalves, J.M.S. 1991."Ensaios de Cultura intensiva de dourada (Sparus aurata): Desenvolvimento larvar e adaptação a alimentação inerte". Tese de fim de Licenciatura-Estágio. Universidade do Algarve, UCTRA, Faro, 50p.

2.    Books

Book chapters/Capitulos de livros

1. 1. 1. Marçalo, A., Breen, M., Tenningen, M., Onandia, I., Arregi, L., Gonçalves, J.M.S. (2019). Mitigating Slipping-Related Mortality from Purse Seine Fisheries for Small Pelagic Fish: Case Studies from European Atlantic Waters. Chapter 15, pp.297-318 In “The European Landing Obligation”, Editors Uhlmann S., Ulrich C., Kennelly, S., Springer International Publishing. DOI: 10.1007/978-3-030-03308-8_15
      2. Marçalo, A., Gonçalves, J.M.S., Vingada, J., Erzini, K. (2018). Interactions of cetaceans and the sardine purse seine fishery: integrating knowledge among fishermen and scientists, bycatch levels and mitigation approaches. Pp. 93-98. In CIESM Workshop Monographs nº 50 (F. Briand Ed.) Engaging marine scientists and fishers to share knowledge and perceptions - Early lessons. CIEM Publisher, Monaco and Paris, 218p..
      3. Gonçalves, J.M.S. Monteiro, P., Bentes, L., Oliveira, F. Afonso. C.M.L., Henriques, N.S., Rangel, M., Sousa, I., Erzini, K.(2016). Construindo mapas de habitats e da biodiversidade marinha. A Europa e o Mar: Inovação e Investigação cientifica em Portugal.Universidade do Algarve. ISBN:978-989-8472-84-7.
      4. Gonçalves, J.M.S., Brandão, C., Blanc, N., Oliveira, F., Bentes, L., Monteiro, P., Paitio, J., Afonso. C.M.L., Rangel, M., Erzini, K.(2016). Valorização de recursos pesqueiros em Portugal. Combate ao desperdicio alimentar. REDE Reflexões in Oportunas. In Loco, 5: 44-49, ISSN:2183-1661.

Books/Livros

1. Oliveira, F.; Aguilar, F.; Monteiro, P.; Bentes, L.;  Afonso, C.M.L.; García, S.; Xavier, J.R.; Ocaña, O.; Matos, V.; Tavares, A-M.; Gonçalves, J.M.S.2017. A photographic guide of the species of the Gorringe Bank. April 2017. CCMAR, 311pp. ISBN: 978-989-95587-4-8;  DOI:10.5281/zenodo.1009038. https://zenodo.org/record/1009038#.Wd4VgDtrxQJ
2. Sonderblohm, C., Guimarães, M.H., Rainha, R., Gonçalves, J.M.S., Pereira, J., Gaspar, M. Erzini, K., Rangel, M. 2016. Livro verde sobre a pesca do polvo no Algarve. Programa PROMAR - Direcção Regional de Agricultura e Pescas do Algarve (DRAP Algarve). Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve GOBIUS Comunicação e Ciência. 48p. ISBN: 978-989-20-7231-9
3. Gonçalves, J.M.S. 2015. Aldeias de Mar do Barlavento Algarvio. Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve; Agência Desenvolvimento do Barlavento (ADB). GOBIUS Comunicação e Ciência, 55p. ISBN: 978-989-20-6316-4.
4. Gonçalves, J.M.S., Machado, D., Tavares, J.T.. 2015. Roteiros Litorais do Barlavento Algarvio. Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve; Agência Desenvolvimento do Barlavento (ADB). GOBIUS Comunicação e Ciência, 27p. ISBN: 978-989-20-6308-9.
5. Rangel, M.; Oliveira, F.; Bentes, L.; Monteiro, P.; Afonso, C.M.L.; Sousa, I.; Gonçalves, J.M.S.. 2015. Roteiros Subaquáticos do Barlavento Algarvio. Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve; Agência Desenvolvimento do Barlavento (ADB). GOBIUS Comunicação e Ciência, 27p. ISBN: 978-989-20-6308-9
6. Gonçalves, J.M.S., Bentes, L., Rangel, M., Oliveira, F., Monteiro, P., Henriques, N.S., Sousa, I., Afonso, C., Erzini, K. (2015). CAVALA - Pesca, biologia e gastronomia de um peixe singular. Gobius Comunicação e Ciência. Programa Promar/GAC Barlavento, 71p. ISBN: 978-989-97260-8-6.
7. Jay, S. & Gee, K. (eds.) (2014) TPEA Good Practice Guide: Lessons for Cross-border MSP from Transboundary Planning in the European Atlantic, University of Liverpool, Liverpool, UK ISBN 978-0-9930146-0-4.
8. Gonçalves, JMS, Veiga, P, Machado, D, Bentes, L, Monteiro, P, Afonso, CLM, Almeida, C, Oliveira, F, Erzini, K. 2013. Biodiversidade do estuário do Arade – Peixes e Invertebrados. Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Faro, Portugal: 256 pp. ISBN 978-989-97260-4-8.
9.  Gonçalves, J.M.S.; Oliveira, F; Coelho, R.; Veiga, P. & Erzini, K. (2008). Roteiros do mar – Região de Vila Real de Santo António. Eds: Coastal Fisheries Research Group & Câmara Municipal de Vila Real de Santo António. Projecto Thon.doc. 118 pp.
10. Santos, M. N.; Erzini, K.; Abecasis, D.; Almeida, C.; Bentes, L.; Canas, A.; Coelho, R.;Ferreira, M.;Gonçalves, JMS.;Jimenez, M.T.;Lino, P.G.;Machado, D.; Monteiro, P.;Oliveira, F.;Pareja-Rios, E.;Ribeiro, J.; Robles, V. e Veiga, P. 2007. Catálogo de espécies de peixes de interesse comercial da costa sul atlântica da Península Ibérica. Eds. M.N. Santos e K. Erzini. Projecto Gestpesca II, Manual nº1: 127p.
11. Teixeira, S., Gaspar, P., Bentes, L., Lino, P.G., Ribeiro, J., Pinhol, V., Gonçalves, J.M.S., 2007. Percurso subaquático da Praia da Marinha.  CCDR Algarve.32p.
12. Gonçalves, J. & Silva, J.A. 2000. Costa Sudoeste. Macrofauna Marinha. Ed. PNSACV-PETROGAL, Talento, Lisboa, 100 p.

3.    Scientific Reports

1. Gonçalves, J.M.S., Oliveira, F., Monteiro, P., Bentes, L., Andrade, M., Belackova, A., Afonso, C.M.L., Sousa, I., Henriques, N.S., Rangel, M., Celestino, S., Coelho, P., Comas, R., Palacín-Fernández, L., Quiles-Pons, C., Costa, A., Espírito Santo, C., Mamede, M., Silva, T., Silva, A.F., Almeida, P.R, Antunes, M., Marques, J.P., Pinto, B., Jacinto, D., Costa, J.L., Quintella, B.R., Cruz, T., Castro, J.J., Horta e Costa, B. (2021). Mapeamento de Habitats e de Espécies na Área Marinha do PNSACV. Relatório técnico do Projeto MARSW, Faro. 288p.
2. Castro, J.J., Quintella, B.R., Almeida, P.R., Antunes, A.C., Antunes, M., Bentes, L., Carvalho, S., Coelho, P., Comas, R., Costa, A., Costa, J.L., Cruz, T., Henriques, N.S., Horta e Costa, B., Jacinto, D., Marques, J.P., Monteiro, P., Oliveira, F., Palacín-Fernández, L., Pinto, B., Pontes, J., Quiles-Pons, C., Rangel, M., Silva, A.F., Sousa, I., Teodoro, P., Veiga, P. e Gonçalves, J.M.S. (2020). Caracterização da pesca na área marinha do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Relatório, projeto MARSW - Sistemas de Informação e Monitorização da Biodiversidade Marinha das Áreas Classificadas do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Universidade de Évora, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, MARE – Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, CCMAR – Centro de Ciências do Mar e Universidade do Algarve, 284 pp.
3. Castro, J.J., Quintella, B.R., Afonso, C.M.L., Almeida, P.R., Andrade, M., Antunes, M., Belackova, A., Bentes, L., Celestino, S., Coelho, P., Comas, R., Costa, A., Costa, J.L., Cruz, T., Dorcier, P., Espírito Santo, C., Henriques, N.S., Horta e Costa, B., Jacinto, D., Marques, J.P., Monteiro, P., Oliveira, F., Palacín-Fernández, L., Pinto, B., Pontes, J., Quiles-Pons, C., Rangel, M., Silva, A.F., Silva, T., Sousa, I., Teodoro, P. e Gonçalves, J.M.S. (2021). Monitorização da área marinha do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Relatório de síntese, projeto MARSW - Sistemas de Informação e Monitorização da Biodiversidade Marinha das Áreas Classificadas do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Universidade de Évora, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, MARE – Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, CCMAR – Centro de Ciências do Mar e Universidade do Algarve, 380 pp.
4. Castro, J.J., Quintella, B.R., Afonso, C.M.L., Almeida, P.R., Andrade, M., Antunes, M., Belackova, A., Bentes, L., Costa, J.L., Cruz, T., Henriques, N.S., Horta e Costa, B., Jacinto, D., Marques, J.P., Monteiro, P., Oliveira, F., Pinto, B., Pontes, J., Rangel, M., Silva, A.F., Silva, T., Sousa, I., Teodoro, P., Veiga, P. e Gonçalves, J.M.S. (2021). Relatório final de execução, modelo de monitorização e medidas de gestão. Relatório, projeto MARSW   Sistemas de Informação e Monitorização da Biodiversidade Marinha das Áreas Classificadas do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Universidade de Évora, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, MARE – Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, CCMAR – Centro de Ciências do Mar e Universidade do Algarve. 104 pp.
5. Vasquez, Mickael, Agnesi Sabrina, Al Hamdani Zyad, Annunziatellis Aldo, Askew Natalie, Bekkby Trine, Bentes Luis, Castle Lewis, Doncheva Valentina, Duncan Graeme, Gonçalves Jorge, Inghilesi Roberto, Laamanen Leena, Lillis Helen, Manca Eleonora, McGrath Fergal, Mo Giulia, Monteiro Pedro, Muresan Mihaela, O'Keeffe Eimear, Pesch Roland, Pinder Jordan, Teaca Adrian, Todorova Valentina, Tunesi Leonardo, Virtanen Elina (2021). Mapping seabed habitats over large areas: prospects and limits. EMODnet Thematic Lot n° 2 – Seabed Habitats. D1.15. EASME/EMFF/2018/1.3.1.8/Lot2/SI2.810241. https://doi.org/10.13155/78021
6. Monteiro, P., L. Bentes, M. Rangel, B. Horta e Costa, F. Oliveira, A. Marçalo, T.S. Alexandre, A.F. Silva, P.R Almeida, M. Antunes, J.P. Marques, B. Pinto, D. Jacinto, J.L. Costa, B.R. Quintella, T. Cruz, J. Castro, J.M.S. Gonçalves (2020). Mapas da pesca e atividades humanas na área marinha do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Relatório técnico do Projeto MARSW, Faro. 65 p.
7. Andrade, M.; Gonçalves, J.M.S.; Rangel, M.; Sousa, I.; Belackova, A.; Bentes, L.; Oliveira, F.; Monteiro, P.; Henriques, N.S.; Afonso, C.M.L.; Franco, G.; Silva, A.F.; Almeida, P.R.; Pinto, B.; Marques, J.P.; Antunes, M.; Cruz, T.; Jacinto, D.; Coelho, P.; Comas, R.; Fernandez, L.; Quiles-Pons, C.; Costa, A.; Espírito-Santo, C.; Celestino, S.; Ferreira, V.; Costa, J.L.; Batista, M.; Quintella, B.R.; Castro, J.J.; Horta e Costa, B. (2020). Definição da lista de indicadores de monitorização das áreas marinhas protegidas portuguesas. MARSW, INFORBIOMARES, OMARE. Lista de indicadores do estado de conservação dos habitats e espécies sensíveis com interesse comercial. III Relatório técnico do Projeto MARSW, Faro. 26 pág + Anexos.
8. Vasquez Mickael, Manca Eleonora, Inghilesi Roberto, Martin Simon, Agnesi Sabrina, Al Hamdani Zyad, Annunziatellis Aldo, Bekkby Trine, Pesch Roland, Askew Natalie, Bentes Luis, Castle Lewis, Doncheva Valentina, Drakopoulou Vivi, Gonçalves Jorge, Laamanen Leena, Lillis Helen, Loukaidi Valia, McGrath Fergal, Mo Giulia, Monteiro Pedro, Muresan Mihaela, O'Keeffe Eimear, Populus Jacques, Pinder Jordan, Ridgeway Amy, Sakellariou Dimitris, Simboura Mika, Teaca Adrian, Tempera Fernando, Todorova Valentina, Tunesi Leonardo, Virtanen Elina (2020). EUSeaMap 2019, A European broad-scale seabed habitat map, technical report. EASME/EMFF/2018/1.3.1.8/Lot2/SI2.810241– EMODnet Thematic Lot n° 2 – Seabed Habitats. https://doi.org/10.13155/74782
9. Mugerza, E., Álvarez, A., Colina, A., Curtin, R., Demanèche, S., Pino Fernández, M., García, L., Flórez, LC, Gaspar, M. Gonçalves, JMS, Henriques, NS, James, M., Mendo, T., Muench, A. Peón, P., Punzón, A. Ribeiro, A. Sobrino, I., Sousa, I. Vasconcelos, P., Tobin, D. (2020). Comparative methodologies to monitor Small-Scale Fisheries in the Atlantic Area. Cabfishman, WP4, Action1, 35p.
10. Neto J.M., Afonso C., Afonso I., Boia A., Brito A.C., Cabral H., Caçador I., Camarão B., Cardoso I., Cardoso I.*, Chaínho P., Cereja R., Costa J.L., Cruz J., Domingos I., Escribano P., Fernandes J., Fernandéz L.D., Fonseca V., Gamito S., Gaspar R., Gonçalves J.M.S., Henriques S., Heumüller J., Lopes C.L.,  Mace R., Mateus M., Medeiros J.P., Melo R., Mendes R.N., Monteiro P., Oliveira F., Pacheco D., Pais M., Parreira F., Pedro P., Pereira L., Pinto M.V., Ramos D., Reis-Santos P.,  Rocha C., Santos R., Silva G., Silva J., Sousa A.P., Tavares A.M. (2020). MESCLA – “Melhorar e Complementar os Critérios de Classificação do Estado das Massas de Água de Transição e Costeiras” (Projeto POSEUR-03-2013-FC-000001). Relatório Final – Vol. I – Elementos Gerais. APA/MONIPOR 102p.
11. Murillas, A., Mugerza E., Castilla E., Garcia-Hoyo, JJ, Fuente L, Kennerley, A.,  Santos, AR,  Muench A., Mendo T., Curtin, R., Pintassilgo, P., Rangel, M. Sousa, I., Henriques NS, Gonçalves JMS, Macabiau C., Demanèche, S. (2020). Assessment of economic net value of fishing grounds for SSF and its carbon footprint. Cabfishman, WP7, Action1, 36p.
12. Fonseca V., Costa J.L., Gonçalves J.M.S., Escribano P., Cabral H., Domingos I., Henriques S., Monteiro P., Oliveira F., Pais M., Reis-Santos P., Neto J.M. (2020). MESCLA – “Melhorar e Complementar os Critérios de Classificação do Estado das Massas de Água de Transição e Costeiras” (Projeto POSEUR-03-2013-FC-000001). Relatório Final – Vol. IX – Ictiofauna. APA/MONIPOR, 65p.
13. Murillas, A, Mugeza, E, Espino, DC, Hoyo, J, Fuente, L, Arbesu, CS, Kennerley, A, Santos, AR, Muench, A, Mendo, T, Curtin, R, Gonçalves, JMS, Pintassilgo, P, Rangel, M, Sousa, I, Henriques, NS, Macabiau, C, Demaneche, S (2020) SSF and its ecosystem: Cultural and Natural Heritage inventory. Report of Cabfishman WP 6, Action 1.10p.
14. Quintella, B.R., A.F. Silva, J.P. Marques, B. Pinto, P. Ferreti, C. Quiles-Pons, P. Coelho, P.R. Almeida, D. Jacinto, T. Cruz, B. Horta e Costa, L. Bentes, P. Monteiro, F. Oliveira, A. Belackova, N.S. Henriques, I. Sousa, C.M.L. Afonso, M. Andrade, M. Rangel, J.M.S. Gonçalves, J., J. Castro, J.L. Costa (2019) Modelo de Monitorização da Biodiversidade Marinha das Áreas Classificadas do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina (Primeiro Relatório). II Relatório técnico do Projeto MARSW, Lisboa, 126 pp + Anexos.
15. Rangel, M (Coordenação), Bentes, L, Monteiro, P, Veiga, P, Pontes, J, Diogo, H, Guerreiro, A, Pio Quinto, D, Oliveira, F, Araújo, G, Sousa, I, Silva, I, Pita, P, Carvalho, S, Coelho, R, Villasante, S, Gonçalves, JMS, Erzini, K. 2019. Relatório final: Fase 4. Recolha de dados e produção de estimativas de esforço e de capturas de pescarias recreativas em águas do Continente (PESCARDATA). Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve, Faro, Portugal 188p. + Anexos.
16. Sousa, I, Rangel, M, Belackova, A, Andrade, M, Henriques, N, Oliveira, F, Bentes, L, Monteiro, P, Afonso, CML, Batista, M, Franco, G, Quiles, C, Coelho, P, Gonçalves, JMS, Horta e Costa, B 2019. Relatório do 1º Workshop sobre indicadores de monitorização de áreas marinhas protegidas dos projetos MARSW, INFORBIOMARES, OMARE. CCMAR, UAlg, Faro. 12 pág.
17. Afonso, CML, Anjos, M, Bentes, L, Campos, A, Castro, M, Erzini, K, Fonseca, P, Gaspar, M, Gonçalves, JMS, Guerreiro, PM, Joaquim, S, Marçalo, A, Matias, D, Monteiro, P, Oliveira, F, Pereira, F, Pousão-Ferreira, PP, Rangel, M, Szynaka, MJ, Torres, M. Vasconcelos, P (CCMAR); Campos-Candela, A, Demestre, M, Garciade-Vinuesa, A, Hinz, H, Koleva, E, Maynou, F, Martínez-Baños, P, Morales-Nin, B, Palmer M (CSIC), Bono, G, Colloca, F, Enea, M, Falsone, F, Fiorentino, F, Gancitano, V, Luca Geraci, M, Milisenda, G, Vitale, S (CNR), Basbas, V, Kapelonis, Z, Tsagarakis, K, Tserpes, G (HCMR), Ligas, A, Musumeci, C, Sartor, P, Sbrana, M, Veli, DL, Viva, C (CIBM) Catanese, G, Grau, A, Grau, AM, del Mar Gil, M, Mira, A, Pastor, E (GIB), De Carlo, F, Massaro, A, Sartini, M, Rossetti, I (ASC), Breen, M, Humborstad, OB, Løkkeborg, S, Rosen, S, Utne-Palm AC (IMR), Foutsi, A (WWF). 2019. WP2. Technological and social solutions Deliverable 2.11 Results of Technological Solutions in "pilot" fisheries Final Report. 19p.
18. Guimarães, M.H., Gonçalves, J.M.S., Horta e Costa, B. (2019) AMPIC - Área Marinha Protegida de Interesse Comunitário. Relatório da 5ª Reunião Participativa. CCMAR, Faro, 40p.
19. Guimarães, M.H., Belackova, A., Ressurreição, A., Horta e Costa, B., Oliveira F., Sousa, I., Pontes, P., Gonçalves, J.M.S, Bentes, L., Rangel, M., Andrade. M, Henriques, N.S., Monteiro, P. (2019). AMPIC - Área Marinha Protegida de Interesse Comunitário. Relatório da 4ª Reunião Participativa. CCMAR, Faro, 29p.
20. Guimarães, M.H., Ressurreição, A., Horta e Costa, B., Oliveira F., Gonçalves, J.M.S, Bentes, L., Rangel, M., Monteiro, P. (2019). AMPIC - Área Marinha Protegida de Interesse Comunitário. Relatório da 3ª Reunião Participativa. CCMAR, Faro, 24p.
21. Horta e Costa, B., Sousa, I., Belackova, A., Henriques, N. S., Rangel, M., Oliveira, F., Afonso, C. M. L., Bentes, L., Monteiro, P., Quintella, B. R., Costa, J. L., de Almeida, P. R., Silva, A. F., Marques, J. P., Quiles-Pons, C., Coelho, P., Cruz, T., Jacinto, D., Castro, J. J., Gonçalves, J. M. S. (2018) Relatório de Síntese da Biodiversidade Marinha da área marinha do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Relatório técnico do Projeto MARSW, Faro, 74 pp + Anexos.
22. Henriques, N.S., Ressurreição, A., Oliveira, F., Monteiro, P., Rangel, M., Bentes, L., Lino, P., Jacob, J., Afonso, C.M.L., Moura, D., Berecibar, E., Horta e Costa, B., Gonçalves, J.M.S. (2018). Baía de Armação de Pêra: Informação de base dos valores naturais e dos usos do espaço marinho. CCMAR, Universidade do Algarve, Fundação Oceano Azul, Faro, Portugal. 84p.
23. Horta e Costa, B., Monteiro, P., Afonso, C.M.L., Rangel, M., Oliveira, F., Bentes, L., Quintela, B.R., Costa, J.L., Almeida, P.R., Silva, A.F., Cruz, T., Castro, J.J., Gonçalves, J.M.S.  (2018). Caracterização expedita das espécies e habitats das áreas marinhas classificadas do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina. Relatório técnico, Fundo Ambiental/ICNF, 87pp.+ Anexos.
24. Rangel, M (Coordenação), Bentes, L, Monteiro, P, Veiga, P, Guerreiro, A, Pio Quinto, D, Oliveira, F, Araújo, G, Pais, H, Sousa, I, Silva, I, Pontes, J, Carvalho, S, Pita, P, Villasante, S, Coelho, R, Gonçalves, JMS, Erzini, K. 2018. Relatório de progresso: Fase 3 – Épocas de inverno e primavera. Recolha de dados e produção de estimativas de esforço e de capturas de pescarias recreativas em águas do Continente (PESCARDATA). Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve, Faro, Portugal 115p. + Anexos
25. Bentes, L, Monteiro, P, Veiga, P, Guerreiro, A, Pio Quinto, D, Oliveira, F, Araújo, G, Sousa, I, Silva, I, Pontes, J, Carvalho, S, Pita, P, Villasante, S, Coelho, R, Gonçalves, JMS, Erzini, K, Rangel, M (Coordenação). 2018. Relatório de progresso: Fase 2: Época de inverno. Recolha de dados e produção de estimativas de esforço e de capturas de pescarias recreativas em águas do Continente (PESCARDATA). Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve, Faro, Portugal 82p. + Anexos.
26. Monteiro, P, Bentes L, Oliveira, F, Afonso, C, Sousa, I, Belackova, A, Rangel, M, Horta e Costa, B, Henriques, NS., Gonçalves, JMS. 2018. Metodologia usada nos mergulhos de Monitorização e Mapeamento do PNSACV. Relatório Técnico Nº 1/2018 - MARSW. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 16 pp
27. Bentes, L., Monteiro, P., Veiga, Gonçalves, J.M.S., Oliveira, F., Sousa, I., Pita, P., Villasante, S., Coelho, R., Erzini. K., Rangel, M. (Coordenação) (2017). Relatório inicial: Fase 1: Definição de metodologias e formação técnica da equipa do Projecto “Recolha de dados e produção de estimativas de esforço e de capturas de pescarias recreativas em águas do Continente” (PESCARDATA). Centro de Ciências do Mar (CCMAR), Universidade do Algarve, Faro, Portugal 29p. + Anexos
28. Gonçalves, J.M.S., Afonso, C.M.L., Boavida, J., Oliveira, F., Brandão, C., Bentes, L., Monteiro, P. (2016). Biodiversidade Marinha do Sublitoral de Tavira (Pedra do Barril). Pescamap Sotavento: Mapeamento de bancos de pesca e demais actividades marítimas no Sotavento Algarvio - Vol. II. Relatório final No. 2/2016 - PescaMap Sotavento. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 77 pp.+anexos.
29. Gonçalves, J.M.S., Blanc, N., Brandão, C., Paitio, J., Rangel, M., Monteiro, P., Bentes, L., Afonso, C., Oliveira, F., Erzini, K. (2016).Valorização de recursos pesqueiros: Cavala Algarvia. Programa PROMAR - GAC Sotavento, CCMAR, Universidade do Algarve, Faro, 44 pp. + Anexos.
30. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Oliveira, F., Costa E., Bentes, L. (2016). Bancos de pesca de cerco e da pequena pesca costeira do Sotavento Algarvio. Pescamap Sotavento: Mapeamento de bancos de pesca e demais actividades marítimas no Sotavento Algarvio - Vol. I. Relatório final No. 1/2016 - PescaMap Sotavento. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 109 pp.+anexos.
31. Rangel, M., Guimarães, H., Campos, A., Fonseca, P.; Gonçalves, J.M.S., Bentes, L., Erzini, K., Castro, M. 2016. Processo participativo da pesca de arrasto de fundo de crustáceos no Algarve - Para uma pesca mais selectiva. Relatório da 1ª Sessão (11 de Fevereiro 2016). MINOUW RIA H20202 Project “Science, Technology, and Society Initiative to Minimize Unwanted Catches in European Fisheries”. 25p
32. Erzini, K., Campos, C., Castro, M., Fonseca, P., Gaspar, M., Gonçalves, J.M.S., Rangel, M. 2016. Technical report detailing guidance and protocols for deploying the most appropriate technological solutions in different case studies and “pilot” fisheries. Deliverable 2.3. MINOUW RIA H20202 Project “Science, Technology, and Society Initiative to Minimize Unwanted Catches in European Fisheries”. 39 p
33. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Oliveira, F., Afonso, C.M.L., Rangel, M., Milla, D., Henriques, N.S., Sousa, I., Bentes, L. (2015). Biodiversidade Marinha do sublitoral entre a ponta da Piedade e a praia do Barranco. Vol III. Relatório Técnico No. 3/2015 - PescaMap. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 63 pp + Anexos
34. Monteiro, P., Afonso, C.M.L., Oliveira, F., Rangel, M., Milla, D., Haponiuk, R., Bentes, L., Gonçalves, J.M.S. (2015). Biodiversidade Marinha do sublitoral da Arrifana. Vol II. Relatório Técnico No. 2/2015 - PescaMap. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 62 pp.
35. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Oliveira, F., Costa, E., Bentes, L. (2015). Bancos de pesca do Cerco e da Pequena Pesca Costeira do Barlavento algarvio. Relatório Técnico No. 1/2015 – PescaMap/Promar Eixo 4 GAC Barlavento. CCMAR, Universidade do Algarve,  Faro, 104 pp. + Anexos.
36. Gonçalves, J.M.S., Bentes, L., Rangel, M., Oliveira, F., Monteiro, P., Henriques, N.S., Sousa, I., Afonso, C., Erzini, K. (2015). Valorização de recursos pesqueiros: Cavala VRP. Programa PROMAR - GAC Barlavento, CCMAR, Universidade do Algarve, Faro, 54 pp. + Anexos.
37. Rangel, M., Guimarães, H., Bentes, L., Erzini, K., Gonçalves, J.M.S. (2015). Processo participativo da pesca do cerco no Algarve - Para uma pesca mais selectiva. Relatório da 1ª Sessão (02 de Novembro 2015). MINOUW RIA H20202 Project “Science, Technology, and Society Initiative to Minimize Unwanted Catches in European Fisheries”. 25p
38. SAER (2015). Estudo de Avaliação Ex-Ante e de Avaliação Ambiental Estratégica do Programa Operacional do Fundo Europeu dos Assuntos Marítimos e das Pescas (FEAMP) para o período de programação 2014-2020. Avaliação Ambiental Estratégica. 38p.
39. SAER (2015). PO MAR 2020. Avaliação Ex-Ante. Relatório Final. 123p.
40. MAM, SRMCT, SRA (2014). Estratégias Marinhas para as Águas Marinhas Portuguesas. Diretiva-Quadro Estratégia Marinha. Programa de Monitorização e Programa de Medidas. Versão para consulta pública. Ministério da Agricultura e do Mar, Secretaria Regional do Mar, Ciência e Tecnologia, Secretaria Regional do Ambiente e dos Recursos Naturais. Julho de 2014.163p.
41. TPEA 2014a. Transboundary Planning in the European Atlantic. Initial Assessment. UE  DG MARE. 92p.
42. TPEA 2014b. Transboundary Planning in the European Atlantic. Pilot Areas Report. UE  DG MARE. 34p.
43. TPEA 2014c. Transboundary Planning in the European Atlantic. Evaluation Process Report. UE  DG MARE. 42p.
44. TPEA 2014d. Transboundary Planning in the European Atlantic. Final Report. UE  DG MARE. 86p.
45. TPEA 2014a. Transboundary Planning in the European Atlantic. Conceptual framework. UE  DG MARE. 59p.
46. Henriques, NS, Bentes,L,  Monteiro,P., Oliveira, F. Afonso CML,  Gonçalves, JMS 2014. Análise espacial para definir áreas marinhas destinadas à implementação de concessões de aquacultura offshore. Relatório Técnico de Sintese. Projeto UE DG MARE – TPEA, Transboundary Planning in the European Atlantic, Universidade do Algarve, CCMAR, 6p.
47. Afonso, C.M.L., Bentes, L., Monteiro, P., Oliveira, F., Rangel, M.O., Sousa, I., Gonçalves, J.M.S. 2014. Roteiros subaquáticos de Sagres – Gruta do Martinhal. MeshAtlantic; Grupo de Investigação Pesqueira Costeira. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 11 p.
48. Afonso, C.M.L., Bentes, L., Monteiro, P., Oliveira, F., Rangel, M.O., Sousa, I., Gonçalves, J.M.S. 2014. Roteiros subaquáticos de Sagres – Ponta dos Caminhos. MeshAtlantic; Grupo de Investigação Pesqueira Costeira. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 11 p.
49. Viðarsson, J.R., Sigurðardóttir, S., Margeirsson, S., Stefánsdóttir, K.E., Ögmundarson, Ó., Gunnlaugsson, K., Agnarsson , S., Silva, C., Wise, L., Mendes, H., Campos, A., Borges, M. F., Erzini, K., Rangel, M.O., Gonçalves, J., Nielsen, K.N., Holm, P., Aschan, M., Fernandes, P.G., Baudron, A. R., Konrad, C., Curtis, H., Anderson, J., Gibb, A., Palmer, M., McGuire, S., Cunningham, L., Chapela, R., Ballesteros, M., Santiago, J.L., Gunnarson, O.M., Danielsdóttir, A.K. 2014. Ecofishman final report from case studies. Internal Deliverable 5.7. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. 67p.
50. Viðarsson, J. R., Sigurðardóttir, S., Margeirsson, S., Silva, C., Wise, L., Mendes, H., Campos, A., Borges, M. F., Erzini, K., Rangel, M.O., Gonçalves, J., Fernandes, P. G., Baudron, A. R., Konrad, C., Curtis, H., Anderson, J., Gibb, A., Palmer, M., McGuire, S., Cunningham, L., Chapela, R., Ballesteros, M., Santiago, J., Nielsen, K.N., Aschan, M. Gunnarson, O.M., Danielsdóttir, A.K. 2014. Report on RFSM prototype 4 tested in case study 2 and 3. Internal Deliverable 5.5. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. 66p.
51. Monteiro, P., Oliveira, F., Sales Henriques, N., Bentes., L., Gonçalves, J.M.S. (2014). An overview of the subtidal reef biotopes of south-eastern coast of Portugal (Algarve). Technical Report No. 1/2014 – TPEA: Transboundary Planning in the European Atlantic. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 28 pp..
52. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Bentes, L., O’Keeffe, E., McGrath, F., Chacón, D., Sanz Alonso, J.L., Mendes, B., Henriques, V., Guerra, M., Freitas, R., Quintino, V., Rodrigues, A., Amorim, P., Tempera, F., Serrão Santos, R., Bettencourt, R., Sebastião, L., Popovsky, J., Fossecave, P., Soulier, L., Rihouey, D., Alonso, C., Mentxaka, I., Galparsoro, I., Vasquez, M., Doré, A., Bernard, M., Lamarche, S., Populus, J. (2013). Reports on MeshAtlantic Survey Sites - MeshAtlantic, CCMAR-Universidade do Algarve 32 pp..
53. Monteiro, P., Bentes, L., Oliveira, F., Afonso, C., Rangel, M., Alonso, C., Mentxaka, I., Galparsoro, I., Chacón, D., Sanz Alonso, J.L., Mendes, B., Guerra, M.T., Gaudêncio, M.J., Henriques, V., Bajjouk, T., Maud, G., Populus, J., Gonçalves, J.M.S. (2013). Atlantic Area Eunis Habitats. Adding new habitat types from European Atlantic coast to the EUNIS Habitat Classification. Technical Report No.3/2013 - MeshAtlantic, CCMAR-Universidade do Algarve, Faro, 61 pp..
54. Tempera, F., Atchoi, E., Amorim, J. Gomes-Pereira & J. Gonçalves (2013). Atlantic Area Marine Habitats. Adding new Macaronesian habitat types from the Azores to the EUNIS Habitat Classification. Technical Report No. 4/2013 - MeshAtlantic, IMAR/DOP-UAç, Horta, 126pp.
55. Mata Chacón, D., Sanz Alonso, J.L., Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Bentes, L., McGrath, F., Henriques, V., Freitas, R., Amorim, P., Tempera, F., Fossecave, P., Alonso, C., Galparsoro, I., Vasquez, M., Populus, J., 2013. Report on collation of historic maps. Bathymetry, substrate and habitats - MeshAtlantic Report. Spanish Institute of Oceanography. 98 pp.
56. Gonçalves, J.M.S., Afonso, C., Oliveira, F., Machado, M., Damião, T., Cravo, A. (2013). 3º Relatório Anual do Programa de Monitorização do Aeroporto de Faro - Fase de Construção (2010-2013). Componente aquática e ecológica. Universidade do Algarve, Faro, 122p.
57. Monteiro, P., Bentes, L., Gonçalves, J.M.S. (2013).Definição espacial de habitats de interesse comunitário da costa continental portuguesa (Directiva Habitat 92/43/CEE). Relatório Técnico MeshAtlantic Nº1/2013 v1.0. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 11p.
58. Viðarsson, J. R., Sigurðardóttir, S., Margeirsson, S., Silva, C., Wise, L., Mendes, H., Campos, A., Borges, M. F., Erzini, K., Rangel, M., Gonçalves, J., Fernandes, P. G., Baudron, A. R., Konrad, C., Curtis, H., Anderson, J., Gibb, A., Palmer, M., McGuire, S., Cunningham, L., Chapela, R., Ballesteros, M., Santiago, J., Nielsen, K. N., Aschan, M., Gunnarson, O.M., Danielsdóttir, A.K. 2013. Report on RFSM prototype 3 tested in case study 2 and 3. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. Internal Deliverable 5.4, Oct, 2013, 48 p.
59. Monteiro, P., Bentes L., Oliveira, F., Rangel, Afonso, C., Gonçalves, J.M.S. (2013). An overview of the submerged sea caves of Sagres (South of Portugal-Algarve). Technical Report No. 2/2013 - MeshAtlantic. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 17 pp..
60. Assis, J. Veiga, P., Gonçalves, J.M.S. 2012. Pesca submarina em Portugal - Análise SWOT. Relatório técnico de apoio à proposta de Projecto "Spearfishing - Avaliação e promoção da pesca submarina em Portugal continental”, CCMAR, GOBIUS, 15p.
61. Monteiro, P., Bentes L., Sousa, I., Oliveira, F., Veiga, P., Rangel, M., Afonso, C., Gonçalves, J.M.S. (2012). Biodiversidade marinha da costa sul de Sagres. Identificação e caracterização de biótopos. Relatório técnico Nº 2/2012 - MeshAtlantic. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 48 pp..
62. Gonçalves, J.M.S., Bentes L., Monteiro, P., Oliveira, F., 2012. Biotope identification and groundtruthing of acoustic surveys in Sagres and Portimão coastal areas. Collaborative ROV surveys Oceana-UALG. MeshAtlantic Internal report nº3/2012, CCMAR, University of Algarve, Faro 18p.
63. Erzini, K., Rangel, M.O., Gonçalves, J.M.S., Hafliðadótti, H., Ólafsdóttir, S.G., Ørebech, P., MacMullen, P., Chapela, R., Ballesteros, M.A., Santiago, J.L., Batista, I., Campos, A., Ögmundarson, Ó., Viðarsson, J.R., Sala, A., Virgili, M., Brcic, J., Gunnarsson, O.M., Daníelsdóttir, A.K. 2012. A comprehensive review of the Common Fisheries Policy (CFP), together with the review of the most recent legislative up-dates. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. Internal Deliverable 1.2, Fev, 2012, 159 p + Annexes.
64. Viðarsson, J.R., Ögmundarson, O., Sigurðardóttir, S., Margeirsson, S., Silva, C., Wise, L., Mendes,H., Borges, M.F, Erzini, K., Rangel, M., Gonçalves, J., Nielsen, K.N., Aschan, M., Margeirsoom S., Gunnarson, O.M., Danielsdóttir, A.K. 2012. Report on RFMS prototype 2 tested in case study 1 and 2. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. Internal Deliverable 5.3, May, 2012, 142 p.
65. Viðarsson, J.R., Sigurðardóttir, S., Sveinn, M, Stefánsdóttir, E.K., Ögmundarson, O., Gunnlaugsson, K., Agnarsson, S., Silva, C., Wise, L., Mendes, H., Campo, A., Borges, M.F, Erzini, K., Rangel, M., Gonçalves, J., Nielsen, K.N., Holm, P., Aschan, M., Fernandes, P.G., Baudron, A.R., Konrad, C., Curtis, H., Anderson, J., Gibb, A., Palmer, M., McGuire, S., Cunningham, L., Chapela, R., Ballesteros, M., Santiago, J.L., Margeirsoom S., Gunnarson, O.M., Danielsdóttir, A.K. 2012. Ecofishman Certified documentation system. Ecofishman Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme. Internal Deliverable 5.1, March, 2012, 26 p. DOI: 10.13140/RG.2.1.4648.2085.
66. Erzini, K., Rangel, MO., Gonçalves, JMS, Coelho, R., Virgili, M., Brcic, J., Sala, A., Ørebech,  P.;, Holm, P., Aschan, M., Ólafsdóttir, S., Ögmundardóttir, H., Karlsdóttir, A.,; Chapela, R., Ballesteros, M.A., Santiago, J.L., Vidarsson, J.R., Ögmundarson, Ó., Eyland, G.& Daníelsdóttir, AK. 2011. Results-Based Management Systems (RBMS). Review of existing systems. Ecosystem-based Responsive Fisheries Management in Europe (EcoFishMan) - Project co-funded by the European Commission within the Seventh Framework Programme  Internal Deliverable 1.1., 103p + Annexes.
67. Gonçalves, J.M.S., Afonso, C., Oliveira, F., Machado, M., Damião, T., Cravo, A. (2012). 2º Relatório Anual do Programa de Monitorização do Aeroporto de Faro - Fase de Construção (2010-2013). Componente aquática e ecológica. Universidade do Algarve, Faro, 122p.
68. Monteiro, P., Bentes, L., Gonçalves, J.M.S. (2012). Ecological zonation. Threshold between infralittoral and circalittoral. MeshAtlantic Technical Report 1/2012. 8p.
69. Bentes, L.; Monteiro, P.; Gonçalves, J.M.S. (eds.) (2011). Report on data collation: historical habitat maps. National Report - Portugal: Historical priority habitat maps (v1). University of Algarve (UALG/CCMAR). MeshAtlantic A2_PT_HistHab. November 2011. 8p.
70. Gonçalves, J.M.S., Bentes, L.; Monteiro, P.; Oliveira, F. and Tempera, F. (eds.) (2011). Report of MeshAtlantic Video Survey Techniques (v1). MeshAtlantic workshop report WR_VST December 2011. 14p.
71. Gonçalves , J.M.S., Afonso, C., Oliveira, F., Machado, M. (2011). Infraestruturas para ILS e Linha de Aproximação da Pista 10, Ampliação de Plataformas e Caminhos de Circulação e Ampliação e Remodelação da Aerogare do Aeroporto de Faro. Programa de Monitorização de Impacte Ambiental. Componente aquática e ecológica. Caracterização de Referência Comunidades de Infauna e Epifauna Bentónica, CCMAR, Universidade do Algarve, Faro, 48p.
72. Gonçalves , J.M.S., Afonso, C., Oliveira, F., Machado, M. (2011). Infraestruturas para ILS e Linha de Aproximação da Pista 10, Ampliação de Plataformas e Caminhos de Circulação e Ampliação e Remodelação da Aerogare do Aeroporto de Faro. Programa de Monitorização de Impacte Ambiental. Componente aquática e ecológica. 2 Relatório de Progresso, CCMAR, Universidade do Algarve, Faro, 12p.
73. Monteiro, P.; Bentes, L.; Gonçalves, J.M.S. (eds.) (2011). Report on data collation: historical habitat maps. National Report - Portugal: EUNIS historical habitat maps from the south coast of Portugal (v1). University of Algarve (UALG/CCMAR). MeshAtlantic A2_PT_EUNIS.  November 2011. 5p.
74. Oliveira, F., Veiga, P., Bentes, L., Monteiro, P., Gonçalves, J.M.S. 2011. Fauna Piscícola dos Lagos da Mata Nacional das Dunas Litorais de Vila Real de Santo António. Relatório de campanha CCMAR, Faro, 5p.
75. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Oliveira, F., Bentes, L., Leite, L., Veiga, P. 2010. Biodiversidade piscícola no baixo estuário do rio Arade. CCMAR, Faro, 32p.
76. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Oliveira, F., Rangel, M., Machado, M., Veiga, P., Leite, L., Sousa, I., Bentes, L., Fonseca, L. & Erzini, K. 2010. Cartografia e caracterização das biocenoses marinhas da Reserva Ecológica Nacional Submarina entre a foz do Rio Arade e a Ponta da Piedade. Relatório Final. ARH Algarve. CCMAR, Faro, 122 pp. + Anexos.
77. Leite, L, Martins, J, Gonçalves, JMS, Andrade, JP, Erzini, K. 2010. Campanhas dos Sistemas TW Arade e Guadiana: Elemento Biológico Peixes (Projecto EEMA).Relatório de Campanha 2009. INAG. CCMAR, Faro, pp 14 + Anexos.
78. Leite, L, Martins, J, Gonçalves, JMS, Andrade, JP, Erzini, K. 2010. Campanhas dos Sistemas TW Arade e Guadiana: Elemento Biológico Peixes (Projecto EEMA).Relatório de Campanha 2010. INAG. CCMAR, Faro, pp 14 + Anexos.
79. Leite, L, Martins, J, Gonçalves, JMS, Andrade, JP, Erzini, K. 2010. Campanhas dos Sistemas TW Arade e Guadiana: Elemento Biológico Peixes (Projecto EEMA).Relatório de Dados de Monitorização 2009. INAG. CCMAR, Faro, pp 8 + Anexos.
80. Leite, L, Martins, J, Gonçalves, JMS, Andrade, JP, Erzini, K. 2010. Campanhas dos Sistemas TW Arade e Guadiana: Elemento Biológico Peixes (Projecto EEMA).Relatório de Dados de Monitorização 2010. INAG. CCMAR, Faro, pp 8 + Anexos.
81. Leite, L, Martins, J, Gonçalves, JMS, Andrade, JP, Erzini, K. 2010. Dados Históricos dos sistemas TW Arade e Guadiana e sistema CW Ria Formosa: Elemento Biológico Peixes (Projecto EEMA).Relatório Síntese de Dados Históricos. INAG. CCMAR, Faro, pp 5.
82. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Almeida, C., Oliveira, F., Rangel, M., Ribeiro, J., Machado, M., Veiga, P., Abecasis, D., Pires, F., Fonseca, L., Erzini, K. e Bentes, L. 2008. Cartografia e caracterização das biocenoses marinhas da Reserva Ecológica Nacional Submarina entre a Galé e a foz do rio Arade. Relatório Final CCDR Algarve. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 144 pp. + Anexos.
83. Gonçalves, J.M.S., Rangel, M., Afonso, C., Oliveira, F., Bentes, L.; Veiga, P. & Monteiro, P. 2008. Biodiversidade marinha associada à marina de Albufeira. Relatório final. CCMAR, 31p.
84. Gonçalves, J.M.S., Oliveira, F., Coelho, R., Saldanha, H. Veiga, P. & Erzini, K. 2008. Projecto THON.DOC, relatório final. CCMAR, 111p.
85. Gonçalves, J.M.S., Rangel, M., Afonso, C., Oliveira, F., Bentes, L.; Veiga, P. & Monteiro, P. 2008. Estudo de reabilitação e valorização do troço de costa entre praia D. Ana e a  Praia do Canavial (Lagos)-“Ambiente Marinho”, relatório final. CCMAR, 58p.
86. Erzini, K.; Veiga, P.; Ribeiro, J.; Almeida, C.; Oliveira, F.; Bentes, L.; Monteiro, P. & Gonçalves, J.M.S. 2008. Parte I - Caracterização da pesca recreativa de costa do sul e sudoeste de Portugal (in portuguese). Final Report. FCT POCI/MAR/58157/2004. University of Algarve, CCMAR, Faro, 82p + Annexes.
87. Erzini, K.; Guerreiro, A.; Veiga, P.; Ribeiro, J. & Gonçalves, J.M.S. 2008. Parte II- Caracterização dos campeonatos de pesca desportiva de costa do sul e sudoeste de Portugal. Relatório Final. FCT POCI/MAR/58157/2004. Universidade do Algarve, CCMAR, Faro, 17p + Anexos.
88. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Conduto, T., Almeida, C., Machado, M.,  Oliveira, F., Bentes, L. Erzini, K. 2008. Avaliação de Impactes, Medidas de Minimização e Plano de monitorização de áreas de exploração de inertes subtidais de Albufeira. Relatório CCMAR/CIMAR Amb & Veritas, 26p. + anexos.
89. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Conduto, T., Almeida, C., Machado, M.,  Oliveira, F., Bentes, L. Erzini, K. 2008. Avaliação de Impactes, Medidas de Minimização e Plano de monitorização de áreas de exploração de inertes subtidais de Quarteira. Relatório CCMAR/CIMAR Amb & Veritas, 26p. + anexos.
90. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Conduto, T., Almeida, C., Machado, M.,  Oliveira, F., Bentes, L. Erzini, K. 2008. Caracterização de referência biológica de áreas de exploração de inertes subtidais de Quarteira. Relatório CCMAR/CIMAR Amb & Veritas, 46p. + anexos.
91. Gonçalves, J.M.S., Monteiro, P., Afonso, C., Conduto, T., Almeida, C., Machado, M.,  Oliveira, F., Bentes, L. Erzini, K. 2008. Avaliação de Impactes, Medidas de Minimização e Plano de monitorização de áreas de exploração de inertes subtidais de Albufeira. Relatório CCMAR/CIMAR Amb & Veritas, 26p. + anexos.
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